由清洁生产的定义可以知道。清洁生产是关于产品和产品生产过程的一种新的、持续的、创造性的思维，它是指对产品和生产过程持续运用整体预防的环境保护战略。
从上述清洁生产的含义，我们可以看到：清洁生产是要引起研究开发者、生产者、消费者也就是全社会对于工业产品生产及使用全过程对环境影响的关注。使污染物产生量、流失量和治理量达到最小，资源充分利用，是一种积极、主动的态度。而末端治理把环境责任只放在环保研究、管理等人员身上，仅仅把注意力集中在对生产过程中已经产生的污染物的处理上。具体对企业来说只有环保部门来处理这一问题，所以总是处于一种被动的、消极的地位。侧重末端治理的主要问题表现在：
(1) 污染控制与生产过程控制没有密切结合起来，资源和能源不能在生产过程中得到充分利用。
任一生产过程中排出的污染物实际上都是物料，如农药、染料生产收率都比较低，这不仅对环境产生极大的威胁，同时也严重的浪费了资源。国外农药生产的收率一般为70%，而我国只有50～60％，也就是一吨产品比国外多排放100～200公斤的物料。因此改进生产工艺及控制，提高产品的收率，可以大大削减污染物的产生，不但增加了经济效益，与此同时也减轻了末端治理的负担。又如硫酸生产中，如果认真控制硫铁矿焙烧过程的工艺条件，使烧出率提高0.1%，对于10万吨/年的硫酸厂就意味着每年由烧渣中少排放100吨硫，多烧出100吨硫，又可多生产约300吨硫酸。因此污染控制应该密切的与生产过程控制相结合，末端控制的环保管理总是处于被动的局面，资源不仅不能充分利用，浪费的资源还要消耗其它的资源和能源去进行处理，这是很不合理的。
(2) 污染物产生后再进行处理，处理设施基建投资大，运行费用高。
“三废”处理与处置往往只有环境效益而无经济效益，因而给企业带来沉重的经济负担，使企业难以承受。目前各企业投入的环保资金除部分用于预处理的物料回收、资源综合利用等项目外，大量的投资用来进行污水处理场等项目的建设。由于没有抓住生产全过程控制和源削减，生产过程中污染物产生量很大，所以需要污染治理的投资很大，而维持处理设施的运行费用也非常可观。几个化工污水处理场投资及运行费用见表1。
表1. 几个化工污水处理场投资及运行费用
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污水处理场名称 |
处理水量吨/时 |
基建投资万元 |
运行费用万元/年 |
备注 |
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吉化公司污水处理场一期 |
8000 |
7000 |
2500 |
1980年投产 |
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二期(增加脱N工艺) |
10000 |
20000－25000 |
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太原化学工业公司 |
2500 |
5000 |
1000 |
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锦西化工总厂 |
700 |
2560 |
450 |
交排污费300万元/年 |
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燕化公司乙烯污水处理场 |
2500 |
15000 |
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西区，化工污水场 |
2200 |
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5000 |
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北京染料厂 |
300 |
1200 |
300 |
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由表可见，根据废水水质、处理工艺流程及基础设施情况不同，处理1吨水/时需要基建投资2～6万元。据统计：处理1吨化工废水需要1～4元，而去除1公斤COD则往往需要2～6元。目前许多企业由于种种原因，使物料流失严重，提高了物耗和产品成本，已经造成经济损失，而流失到环境中的物料还需要很高的费用去处理、处置。使企业受到双重的经济负担。
(3)现有的污染治理技术还有局限性，使得排放的“三废”在处理、处置过程中对环境还有一定的风险性。
如废渣堆存可能引起地下水污染，废物焚烧会产生有害气体，废水处理产生含重金属污泥及活性污泥等等，都会对环境带来二次污染。但是末端治理与清洁生产两者并非互不相容，也就是说推行清洁生产还需要末端理，这是由于：
